Неодамна открив нешто неверојатно!Многу напредни експериментални професионалци околу него дури и не знаат некои многу основни точки за експериментално знаење.

На пример, дали можеш да одговориш на следниве прашања?

Дали има разлика помеѓу OD260 и A260?Што значи секој од нив?
OD е кратенка од оптичка густина (оптичка густина), А е кратенка за апсорпција (апсорпција), двата концепта се всушност исти, „оптичката густина“ е „апсорпција“, но „оптичката густина“ е во согласност со повеќето национални стандарди и е постандардизирана.

Обично ја мериме вредноста на OD на 260 nm за да ја пресметаме концентрацијата на нуклеинската киселина, па што претставува 1OD?
Нуклеинската киселина има максимален врв на апсорпција на бранова должина од 260 nm, кој содржи и ДНК и РНК, како и фрагментирани фрагменти на нуклеинска киселина (ова е клучната точка).
Вредноста на OD измерена на бранова должина од 260 nm беше снимена како OD260.Ако примерокот е чист, вредноста на OD260 може да ја пресмета концентрацијата на примерокот на нуклеинската киселина.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (двојно-верижна ДНК)
=37 μg/ml ssDNA (едноверижна ДНК)
=40 μg/ml РНК
=30 μg/ml dNTPs (олигонуклеотиди)
Дали има некаква врска и разлика помеѓу RT-PCR, Realtime-PCR и QPCR?
RT-PCR е кратенка за PCR за обратна транскрипција
Real Time PCR=qPCR, кратенка за Quantitative Real Time PCR
Иако во реално време PCR (во реално време флуоресцентна квантитативна PCR) и обратна транскрипција PCR (реверзна транскрипција PCR) се чини дека и двете се скратени како RT-PCR.Но, меѓународната конвенција е: RT-PCR конкретно се однесува на PCR со обратна транскрипција.

Кои се најчесто користените nt, bp и kb за да се опише должината на ДНК/РНК во биологијата?
nt = нуклеотид
bp = базен пар на базен пар
kb = килобаза

Секако, би рекле дека многу луѓе не се грижат за овие мали детали!Секој го прави ова, и никој нема да ве праша што е тоа.Знаеш дека ова е непотребно, нели?

Не, не, не, многу е неопходно да се знае ова!поради што?
Затоа што сакате да објавите статија!Брат!Без разлика дали се стремите кон дипломирање или следење на научни истражувачки достигнувања, мора да се потпрете на статии за да зборувате!

Екстракцијата на нуклеинска киселина треба да биде наједноставниот и најосновниот експеримент.Квалитетот на екстракцијата на нуклеинска киселина директно ги одредува резултатите од последователните експерименти.

Иако сум кажал многу пати, сепак има многу пријатели на кои не им е грижа.Овој пат решив да се тргнам од статијата!

Минимални информации за објавување на квантитативни PCR експерименти во реално време, означени како MIQE, е збир на упатства за флуоресцентни квантитативни експерименти лансирани на меѓународно ниво, кои предлагаат минимални стандарди за експериментални информации неопходни за евалуација на флуоресцентни квантитативни PCR експерименти и објавување статии.Преку експерименталните услови и методите за анализа обезбедени од експериментаторот, рецензентите можат подобро да ја оценат валидноста на експерименталната шема на истражувачот.

Може да се види дека во делот на екстракција на нуклеинска киселина, предложени се следните точки за откривање:

„Е“ означува информации што мора да се обезбедат и „Д“ означува информации што треба да се обезбедат доколку е потребно.

Формата е многу комплицирана, всушност, сакам да кажам дека секој треба да започне од

чистота (D), принос (D), интегритет (E) и конзистентност (E) за да се проценат нуклеинските киселини во овие четири аспекти.

Според експерименталните навики, прво зборувајте за методите за оценување на чистотата и концентрацијата.

Мерењето на OD е омилениот и најлесниот метод за откривање за експериментаторите.Што се однесува до принципот, овде нема да навлегувам во детали.Многу лаборатории сега користат ултра-микро спектрофотометри за директно квантитативно да ги анализираат примероците на нуклеинска киселина.Додека ја прикажува вредноста на апсорпција, програмата директно ја дава вредноста на концентрацијата (нуклеинска киселина, протеини и флуоресцентна боја) и сродните соодноси.Што се однесува до анализата на вредноста на OD, зачувајте ја оваа слика и ќе бидете во ред.

Универзална листа на решенија за OD вредност

Сепак, постојат неколку предупредувања што треба да се изнесат посебно за вас.

(На крајот на краиштата, знам дека вие мора да бидете тие што штедат и чекаат додека не ви требаат!)

Забелешка 1 Опрема

На вредноста на OD ќе влијае различна опрема.Сè додека OD260 е во одреден опсег, вредностите на OD230 и OD280 се значајни.На пример, опсегот на апсорпција на обичниот Eppendorf D30 на 260nm е 0~3A, а NanoDrop One на Thermo е на 260nm.Опсегот на апсорпција од 0,5 ~ 62,5 А.

Забелешка 2Реагенс за разредување

На вредноста на OD може да влијае разредувањето на различни реагенси.На пример, OD260/280 читање на прочистена РНК во pH7,5 10 mM Тристампон е помеѓу 1,9-2,1, додека вонеутрален воден раствородносот ќе биде помал, можеби само 1,8-2,0, но тоа не значи дека квалитетот на РНК се менува Разликата.

Забелешка 3Резидуални супстанции

Постоењето на резидуални супстанции ќе влијае на точноста на мерењето на концентрацијата на нуклеинската киселина, па затоа е неопходно колку што е можно да се избегнуваат остатоци од протеини, фенол, полисахариди и полифеноли во примероците на нуклеинска киселина.

Меѓутоа, всушност, екстракцијата со органски реагенси е стар метод.Во комерцијалните комплети, ефектот на екстракција може да се постигне преку адсорпциона колона базирана на силика, комбинирана со центрифугирање, избегнување на токсични и штетни органски реагенси кои тешко се отстрануваат итн. Проблемот, како на пр.Комплетот за екстракција на нуклеинска киселина на Foregene, не користи DNase/RNase и токсични органски реагенси во текот на операцијата, брз и безбеден, и наефект едобро(случајно кажа дека е ќелаво, но знам дека сакаш да знаеш).

Пример 1: Принос и чистота на екстракција на геномска ДНК

Комплет за изолација на ДНК на почва Foregene (DE-05511) третира примероци од почва од различни извори, а количината и чистотата на добиената геномска ДНК се прикажани во следната табела:
Пример 2: Принос и чистота на екстракција на ткивна РНК

Комплет за изолација на тотална РНК на животните (RE-03012) обработуваше различни примероци од ткиво, а количината и чистотата на добиената РНК се прикажани во табелата подолу (за ткиво од глушец):
Сепак, немојте да мислите дека сте завршиле со OD вредноста.Дали имаш грижа за клучните точки што ти ги нацртав напред?

Забележете

Во апсорпцијата ќе се пресметаат и фрагментирани молекули на нуклеинска киселина.Претпоставувајќи дека имате остатоци од геномска ДНК во РНК, вашата вредност на ОД ќе изгледа дека е многу висока, но вистинската концентрација на РНК не може да се одреди.Дали вашата РНК е Не е јасно дали има деградација, па сè уште ни треба сеопфатен метод за евалуација за да дадеме попрецизен суд, односно проценка на интегритетот на нуклеинската киселина спомената во MIQE.