Извонредната карактеристика на PCR реакцијата е нејзиниот голем капацитет за засилување и исклучително високата чувствителност.Со цел да ги подобриме перформансите на PCR и ефикасноста на откривање, ние сме посветени на подобрување на капацитетот за засилување на PCR и чувствителноста на откривање, но главоболката е во процес на експериментот.Често се појавуваат лажни позитиви, а многу мала количина на вкрстена контаминација на примерокот или контаминација на производи со PCR може да предизвика лажни позитиви во експериментот.
Пет типа на контаминација на производи со PCR
Постојат многу причини за контаминација со PCR, кои грубо може да се поделат во следниве категории:
Контаминацијата на примерокот главно е предизвикана од контаминација на контејнерот за собирање на примерокот, или кога примерокот е поставен, тој истекува од контејнерот поради лабаво запечатување или примерокот е залепен на надворешната страна на контејнерот, што предизвикува вкрстена контаминација;Контаминацијата води до контаминација помеѓу примероците;некои микробиолошки примероци, особено вирусите, може да се шират со аеросоли или да формираат аеросоли, што резултира со взаемна контаминација.
Главната причина е што за време на подготовката на PCR реагенсите, пиштолот за примероци, контејнерот, двојно дестилирана вода и другите раствори се контаминирани со шаблонот за нуклеинска киселина PCR.
Во лабораториите за молекуларна биологија и некои лаборатории кои користат клонирани плазмиди како позитивни контроли, проблемот со клонирана плазмидна контаминација е исто така чест.Бидејќи содржината на плазмидот за клонирање во единица волумен е доста висока, а потребни се повеќе алатки и реагенси во процесот на прочистување, а плазмидот во живите клетки е многу веројатно да биде контаминиран поради силниот раст и способност за репродукција на живите клетки.
Контаминацијата на засилените производи е најчестиот проблем со контаминација во PCR реакциите.Бидејќи количината на копирање на PCR производ е голема (обично 1013 копии/ml), што е далеку повисоко од границата на бројот на копии за откривање на PCR, многу мала количина на контаминација на PCR производ може да предизвика лажни позитиви.
Загадувањето со аеросол е најверојатната форма на контаминација на PCR производите, а исто така најлесно е да се занемари.Се формира со триење помеѓу површината на течноста и воздухот.Општо земено, аеросол контаминација може да се формира кога капакот е отворен, кога примерокот се аспирира или дури и кога реакционата цевка енергично се тресе.Според пресметките, аеросолната честичка може да содржи 48.000 примероци, па загадувањето предизвикано од неа е проблем кој заслужува посебно внимание.
Особено, лабораториите за тестирање често користат ист пар на прајмери за тестирање на одреден ген.Со текот на времето, во лабораторискиот простор ќе се појави голема количина на PCR контаминација на производот.Откако ќе се појави таква контаминација, тешко е да се елиминира за кратко време.
За првите три типа на загадување, можеме да користиме ефективни средства за избегнување, но загадувањето предизвикано од PCR производите е тешко да се спречи, особено во изградбата на нестандардни PCR лаборатории.Во процесот на PCR, кога врвот на пипетата ја вшмукува и дува течноста, и кога ќе се отвори капакот на PCR цевката, ќе се формира аеросол.ДНК молекулите што ги носи аеросолот (еден аеросол може да носи десетици илјади ДНК) е тешко да се елиминираат бидејќи лебдат во воздухот.Откако ќе се воведе следниот круг на PCR експерименти, неизбежно ќе се појават лажни позитиви.
Како што е прикажано на сликата подолу, негативната контрола исто така го засилила соодветниот опсег на интерес:
Првиот дел од ова прашање за PCR загадувањето и превенцијата е воведен овде.Следниот број ќе ви го донесе вториот дел „Превенција од контаминација на производите со PCR“, па останете во тек!
Време на објавување: 25 јули 2017 година
