• Фејсбук
  • линкедин
  • youtube

Појавување на SARS-CoV-2 B.1.1.7 Лоза-

Соединетите Американски Држави, 29 декември 2020 година-12 јануари 2021 година

Лето Е. Галовеј, д-р 1;Прабасај Павле, д-р 1;Данкан Р. МекКенел, д-р 2;Мајкл А. Јохансон, д-р 1;

Џон Т. Брукс, MD 1;Адам МекНил, д-р 1;Рејчел Б. Слејтон, д-р 1;Суксианг Тонг, д-р 1;Бенџамин Ј. Силк, д-р 1;Грегори Л. Армстронг, Д-р 2;

Метју Бигерстаф, ScD 1;д-р Вивиен Г. Дуган

На 15 јануари 2021 година, овој извештај беше објавен како MMWRПредвремено објавување на веб-страницата на MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

На 14 декември 2020 година, Обединетото Кралство известиваријанта на загриженост SARS-CoV-2 (VOC), лоза Б.1.1.7,исто така познат како VOC 202012/01 или 20I/501Y.V1.*Се проценува дека варијантата Б.1.1.7 се појавила во септември2020 година и брзо стана доминантна циркулирачкаВаријанта САРС-КоВ-2 во Англија (1).Б.1.1.7 еоткриени во над 30 земји, вклучувајќи ги и Соединетите Американски Држави.Какоод 13 јануари 2021 година, приближно 76 случаи на Б.1.1.7 имаате откриен во 12 американски држави.Повеќе линии на доказиукажуваат дека Б.1.1.7 се пренесува поефикасно отколку што седруги варијанти на САРС-КоВ-2 (1-3).Моделираната траекторија наоваа варијанта во САД покажува брз раст на почетокот на 2021 година,станувајќи доминантна варијанта во март.ЗголеменПреносот на САРС-КоВ-2 може да ја загрози здравствената заштитаресурси, бараат проширена и поригорозна имплементацијана стратегии за јавно здравје (4), и зголемување на процентот наимунитетот на населението потребен за контрола на пандемијата.Зборувамерките за намалување на преносот сега можат да го намалат потенцијалотвлијанието на Б.1.1.7 и овозможи критично време за зголемување на вакцинатација покриеност.Колективно, подобрен геномски надзорво комбинација со континуирано усогласување со ефективната јавностздравствени мерки, вклучително и вакцинација, физичко растојание,употреба на маски, хигиена на рацете и изолација и карантин, ќее од суштинско значење за ограничување на ширењето на САРС-КоВ-2, вирусотшто предизвикува коронавирусна болест 2019 година (COVID-19).Стратешкитестирање на лица без симптоми, но со поголем ризик одинфекција, како што се оние кои се изложени на САРС-КоВ-2 или кои имаатчестиот неизбежен контакт со јавноста, обезбедува другможност за ограничување на тековното ширење.

Глобален геномски надзор и брзо споделување со отворен кодИнструирањето на секвенците на вирусниот геном е олеснето речиси во реално времеоткривање, споредба и следење на еволуирачкиот SARS-CoV-2варијанти кои можат да ги информираат напорите за јавно здравје за контрола напандемски.Со оглед на тоа што некои мутации во вирусниот геномда се појават и потоа да се повлечат, други би можеле да доделат селективно напредувањелетање на варијантата, вклучувајќи зголемена преносливост, така штотаквата варијанта може брзо да доминира со другите варијанти кои циркулираат.

На почетокот на пандемијата, варијанти на САРС-КоВ-2 што содржатмутацијата D614G во протеинот шилец (S) што се зголемуважелбата за врзување на рецепторите брзо стана доминантна кај многуминагеографски региони (5,6).Кон крајот на есента 2020 година, повеќе земји пријавија откривањеВаријанти на SARS-CoV-2 кои се шират поефикасно.Покрај тоана варијантата B.1.1.7, значајни варијанти ја вклучуваат B.1.351лоза првпат откриена во Јужна Африка и неодамна идентификуванаB.1.1.28 потклада (преименуванаП.1) откриени кај четворица патнициод Бразил за време на рутинска проекција во Ханеда (Токио)аеродром.§ Овие варијанти носат констелација на генетски мутајони, вклучително и во доменот за врзување на рецепторот на S протеин,што е од суштинско значење за врзување со клетката домаќин ангиотензин-конвертирачки ензим-2 (ACE-2) рецептор за олеснување на вирусотвлез.Доказите сугерираат дека кај нив се пронајдени други мутацииваријантите може да донесат не само зголемена преносливост тукуможе да влијае и на изведбата на некои дијагностички во реално времеобратна транскрипција-полимеразна верижна реакција (RT-PCR)анализии ја намалуваат чувствителноста на неутрализирачки антитела(2,3,5-10).Неодамнешниот извештај за случајот го документира првиот случај наРеинфекција на SARS-CoV-2 во Бразил со варијанта SARS-CoV-2што ја содржеше мутацијата E484K,** што е прикажанода се намали неутрализацијата со реконвалесцентни серуми и моноклоналниантитела (9,10).

Овој извештај се фокусира на појавата на варијантата B.1.1.7во Соединетите Американски Држави.Од 12 јануари 2021 година, нитуB.1.351 ниту пак варијантите P.1 се откриени воСоединети Држави.За информации за новите SARS-CoV-2варијанти на загриженост, ЦДЦ одржува веб-страница посветена наобезбедување информации за новите варијанти на SARS-CoV-2.††

 Б.1.1.7 лоза (20I/501Y.V1)

Варијантата B.1.1.7 носи мутација во протеинот S(N501Y) што влијае на конформацијата на врзувањето на рецепторитедомен.Оваа варијанта има 13 други Б.1.1.7 мутации за дефинирање на лозата (Табела), од кои неколку се во протеинот S,вклучувајќи бришење на позициите 69 и 70 (del69-70) тоаеволуирале спонтано во други варијанти на SARS-CoV-2 и ехипотеза за зголемување на преносливоста (2,7).Бришењетона позициите 69 и 70 предизвикува неуспех на целта на генот S (SGTF)во најмалку еден RT-PCR-базирана дијагностичка анализа (т.е. соТермоФишер Так Патека COVID-19 анализа, варијантата B.1.1.7мравка и други варијанти со дел69-70 произведуваат негативенрезултат за целта на S-генот и позитивен резултат за другите двецели);SGTF служеше како полномошник во Обединетото Кралствоза идентификување на Б.1.1.7 случаи (1).Повеќе линии на докази покажуваат дека Б.1.1.7 е повеќеефикасно се пренесува во споредба со другите SARS-CoV-2варијанти кои циркулираат во Обединетото Кралство.ОК региони сопоголем дел од секвенците Б.1.1.7 имале побрза епидемијараст од другите области, дијагнозите со SGTF се зголемијапобрзо отколку не-SGTF дијагнозите во истите области, и aпоголем дел од контактите биле инфицирани од пациенти со индекссо Б.1.1.7 инфекции отколку со индексни пациенти инфицирани содруги варијанти (1,3).Варијантата Б.1.1.7 има потенцијал да ја зголеми тавата во САДдемиска траекторија во наредните месеци.За да се илустрира овој ефект,беше развиен едноставен преграден модел со две варијанти.Тековната американска преваленца на Б.1.1.7 меѓу сите што циркулираатвирусите се непознати, но се смета дека се <0,5% врз основа наограничен број откриени случаи и податоци за SGTF (8).Замоделот, првичните претпоставки вклучуваа преваленца Б.1.1.7од 0,5% меѓу сите инфекции, имунитет на САРС-КоВ-2 одпретходна инфекција од 10%-30%, репродуктивен период кој варира во времеброј (R t ) од 1,1 (ублажен, но зголемен пренос)или 0,9 (се намалува преносот) за тековните варијанти, и се пријавува инциденца од 60 случаи на 100.000 лица дневно на1 јануари 2021. Овие претпоставки не прецизно претставувааткоја било локација во САД, туку укажува на генерализација науслови вообичаени низ целата земја.Промената во R t надвреме кое произлегува од стекнат имунитет и зголемување на преваlence of B.1.1.7, беше моделирана, со B.1.1.7 R t претпоставенада биде константа 1,5 пати поголема од R t од тековните варијанти, врз основа напрвичните проценки од Обединетото Кралство (1,3).Следно, беше моделирано потенцијалното влијание на вакцинацијатапод претпоставка дека биле администрирани 1 милион дози на вакцина поден кој започнува на 1 јануари 2021 година и тој 95% имунитетбеше постигнат 14 дена по приемот на 2 дози.Поточно,имунитет против инфекција или со сегашни варијанти или соСе претпоставуваше B.1.1.7 варијанта, иако ефективноста ивреметраењето на заштитата од инфекција останува неизвесно,бидејќи тие не беа примарна крајна точка на клиничките испитувањаза првичните вакцини.Во овој модел, B.1.1.7 преваленцата е првично ниска, но затоа штотоа е повеќе преносливо од сегашните варијанти, тоа го покажувабрзиот раст на почетокот на 2021 година, станувајќи доминантна варијантамравка во март (слика 1).Дали пренос на струјаваријантите се зголемуваат (почетен Rt = 1,1) или полека се намалуваат(почетна R t = 0,9) во јануари, B.1.1.7 предизвикува значителна променаво преносната траекторија и нова фаза на експоненцијалнараст.Со вакцинација која штити од инфекција, нараните епидемиски траектории не се менуваат и Б.1.1.7 се ширисè уште се јавува (Слика 2).Меѓутоа, откако B.1.1.7 станувадоминантна варијанта, нејзиниот пренос беше значително намален.Ефектот на вакцинацијата врз намалувањето на преносот во близинатерминот беше најголем во сценариото во кое беше преносотвеќе се намалува (почетен R t = 0,9) (Слика 2).Раните напори штоможе да го ограничи ширењето на варијантата B.1.1.7, како што се универзални изголемена усогласеност со стратегиите за ублажување на јавното здравје,ќе овозможи повеќе време за тековната вакцинација да се постигне повисокоимунитет на ниво на популација.

Дискусија

Во моментов, не постои позната разлика во клиничките резултатиповрзани со опишаните варијанти на SARS-CoV-2;сепак,повисока стапка на пренос ќе доведе до повеќе случаи, зголемувањевкупниот број на лица на кои им е потребна клиничка нега, егзацерсимнување на товарот на веќе затегнатиот здравствен систем,и резултира со повеќе смртни случаи.Континуиран геномски надзорда се идентификуваат случаите Б.1.1.7, како и појавата на другиваријанти на загриженост во САД, е важно заОдговор на јавното здравство за COVID-19.Додека резултатите од SGTFможе да помогне да се идентификуваат потенцијалните случаи Б.1.1.7 што може да се потврдатсо секвенционирање, идентификување на приоритетните варијанти кои не се прикажуваатSGTF се потпира исклучиво на надзор базиран на секвенца.

 

 

 

Означување на варијанта

Прва идентификација  

Карактеристични мутации

(протеин: мутација)

Број на тековни случаи потврдени низа Бр. од

земји со

секвенци

Локација Датум Соединети Држави Во светот  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Обединето Кралство Септември 2020 година ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del3675-3677 SGF

С: del69-70 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Јужна Африка Октомври 2020 година ORF1ab: K1655N

Е: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Бразил и Јапонија Јануари 2021 година ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del3675-3677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Кратенки: del = бришење;Е = протеин на обвивката;N = протеин на нуклеокапсид;ORF = отворена рамка за читање;S = шилест протеин.

Искуството во Обединетото Кралство и моделите B.1.1.7презентирани во овој извештај го илустрираат влијанието на позаразнаваријанта може да има на бројот на случаи во една популација.Назголемената преносливост на оваа варијанта бара уште повеќеригорозно комбинирано спроведување на вакцинација и митигамерки (на пример, оддалечување, маскирање и хигиена на рацете)за контрола на ширењето на САРС-КоВ-2.Овие мерки ќе бидатпоефективни ако се воведат порано отколку подоцнада се забави првичното ширење на варијантата B.1.1.7.Напорите заподгответе го здравствениот систем за понатамошни бранови во случаите сегарантирано.Зголемената преносливост исто така значи дека е поголемамора да се постигне од предвиденото опфат со вакцинацијапостигнување на исто ниво на контрола на болеста за да се заштити јавноставо споредба со помалку преносливи варијанти.Во соработка со академски, индустриски, државни, територијални,племенски и локални партнери, ЦДЦ и други федерални агенциисе координирање и подобрување на геномскиот надзор инапори за карактеризација на вирусот низ Соединетите Држави.ЦДЦги координира напорите за секвенционирање на САД преку SARS-CoV-2Секвенционирање за одговор при итни случаи на јавно здравје,Епидемиологија и надзор (СФЕРИ)§§конзорциум,кој вклучува приближно 170 институции-учеснички и промовира отворено споделување податоци за да се олесни употребата на SARS-CoV-2податоци за низа.За следење на еволуцијата на вирусот САРС-КоВ-2, ЦДЦ еспроведување на повеќеслојно геномски надзор за да се разбереепидемиолошките, имунолошките и еволутивните процесикои ги обликуваат вирусните филогении (филодинамика);водич за појаваистраги;и го олеснуваат откривањето и карактеризирањетоција на можни реинфекции, случаи на пробив на вакцината инови вирусни варијанти.Во ноември 2020 година, ЦДЦ основанаНационалната програма за следење на соеви САРС-КоВ-2 (NS3).да се подобри репрезентативноста на домашниот SARS-CoV-2секвенци.Програмата соработува со 64 американска јавностздравствени лаборатории за поддршка на систем за геномски надзор;NS3 исто така гради колекција на примероци SARS-CoV-2 and секвенци за поддршка на јавно-здравствениот одговор и научниистражување за да се оцени влијанието на загрижувачките мутации врзпостоечки препорачани медицински контрамерки.ЦДЦ имаисто така склучен договор со неколку големи комерцијални клинички трудовитори за брзо секвенцирање на десетици илјади САРС-КоВ-2-позитивни примероци секој месец и има финансирано седум академскиинституциите партнерски да спроведат геномски надзорсо јавно-здравствените агенции, со што значително се зголемувадостапноста на навремените податоци за геномски надзор од другата странаСоединетите држави.Покрај овие национални иницијативи,многу државни и локални јавно здравствени агенции се секвенционираат

СЛИКА 1. Симулирани траектории на инциденца* на тековните варијанти на SARS-CoV-2 и варијантата B.1.1.7,под претпоставка дека нема вакцинација во заедницатаи или почетна Rt = 1,1 (A) или почетна Rt = 0,9 (B) за тековните варијанти-Соединетите Американски Држави, јануари-април 2021 година

 

слика 1
слика 2
кратенки
слика 1

SARS-CoV-2 за подобро разбирање на локалната епидемиологија иподдршка на јавно-здравствениот одговор на пандемијата.Наодите во овој извештај се предмет на најмалку три ограничувањатации.Прво, големината на зголемувањето на преносливостатите во Соединетите Американски Држави во споредба со оној забележан воОбединетото Кралство останува нејасно.Второ, распространетоста наB.1.1.7 во Соединетите Американски Држави исто така е непознат во овој момент, нооткривањето на варијанти и проценката на преваленцата ќе се подобрисо засилени напори за надзор на САД.Конечно, локална митигаМерките за работа се исто така многу променливи, што доведува до варијации воР т.Специфичните резултати презентирани овде се засноваат на симулаи не претпоставува дека нема промена во ублажувањето по 1 јануари.Зголемената преносливост на војната на варијантата B.1.1.7бара ригорозна имплементација на стратегиите за јавно здравје нанамалување на преносот и намалување на потенцијалното влијание на B.1.1.7,купување критично време за зголемување на опфатот со вакцинација.ЦДЦподатоците за моделирање покажуваат дека универзалната употреба на и зголемената усогласеностод суштинско значење се мерките за ублажување и вакцинацијатазначително да се намали бројот на нови случаи и смртни случаи вонаредните месеци.Понатаму, стратешко тестирање на лица безсимптоми на КОВИД-19, но кои се изложени на зголемен ризик заинфекција со САРС-КоВ-2, дава уште една можност даограничете го тековното ширење.Колективно, подобрен геномски надзоркопје во комбинација со зголемена усогласеност со јавното здравјестратегии за ублажување, вклучително и вакцинација, физичко растојаниеземање, употреба на маски, хигиена на рацете и изолација и карантин,ќе биде од суштинско значење за ограничување на ширењето на САРС-КоВ-2 изаштита на јавното здравје.

Признанија

Членови на Редоследот за итни случаи во јавното здравствоКонзорциум за одговор, епидемиологија и надзор;државни и локалнилаборатории за јавно здравје;Здружение на лаборатории за јавно здравје;Тим за одговор на ЦДЦ COVID-19;Филијала на респираторни вируси,Одделение за вирусни болести, ЦДЦ. Комитет на уредници на медицински списанија формулар за откривање на потенцијалотконфликт на интереси.Не беа откриени потенцијални конфликти на интереси.

Референци

1. Јавно здравство Англија.Истражување на новата варијанта САРС-КоВ-2: варијанта на загриженост 202012/01 година, технички брифинг 3. Лондон, Обединетото Кралство: Јавно здравство Англија;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_Eng
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Рекурентно појавување и пренесување на бришење на шил SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Preprint објавено онлајн на 14 јануари 2021 година].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Волц Е, Мишра С, Чанд М и сор.Пренос на лозата САРС-КоВ-2 Б.1.1.7 во Англија: увиди од поврзувањето на епидемиолошките и генетските податоци.medRxiv [Претпечатење објавено на интернет на 4 јануари 2021 година].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;Тим за одговор на ЦДЦ COVID-19.Резиме на упатства за стратегии за јавно здравје за справување со високите нивоа на пренос во заедницата на SARS-CoV-2 и поврзани смртни случаи, декември 2020 година.
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;Конзорциум COG-UK.Оценување на ефектите на шпицот на мутацијата на SARS-CoV-2 D614G врз преносливоста и патогеноста.Cell 2021; 184:64-75.e11.PMID: 33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Корбер Б, Фишер В.М., Гнанакаран С, и сор.;Шефилд СОВИД-19 Геномикс група.Следење на промените во скокот SARS-CoV-2: доказ дека D614G ја зголемува инфективноста на вирусот COVID-19.Ќелија
2020; 182: 812-27.PMID: 32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. Мекарти КР, Реник Л.Ј., Намнули С, и сор.Природните бришења во гликопротеинот на шпицот SARS-CoV-2 предизвикуваат бегство на антителата.bioRxiv [Претпечатење објавено на интернет на 19 ноември 2020 година].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Шемите на напуштање на гените од Вашингтон NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S во тестовите SARS-CoV-2 сугерираат ширење на мутацијата H69del/V70del во САД.medRxiv [Претпечатење објавено на интернет на 30 декември 2020 година].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Избегајте од неутрализирачките антитела со варијанти на протеински шилести САРС-КоВ-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Сеопфатно мапирање на мутации на доменот за врзување на рецепторот SARS-CoV-2 кои влијаат на препознавањето со поликлонални човечки серумски антитела.bioRxiv [Претпечатење објавено на интернет на 4 јануари 2021 година].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Време на објавување: 11 февруари 2021 година